jaxel

Во первых, можно добавить в composer.json:

"config": {
        "bin-dir": "bin"
    }

Тогда в папке bin в корне проекта будут создаваться симлинки для всех консольных пакетов.
Во вторых, нужно создать в корне файл с конфигом phpunit.xml, который может выглядеть примерно так:

<phpunit bootstrap="vendor/autoload.php">
  <testsuites>
    <testsuite name="Unit test">
      <directory>tests</directory>
    </testsuite>
  </testsuites>
</phpunit>

И в нём уже описать подробно настройки. Тогда при выполнении bin/phpunit будут запускаться тесты с указанными в конфиге настройками.