React-Redux. Какой путь правильнее: вызов connect на главном файле или на разных, которым нужно пробросить данные?

По моему вы путаете количество коннесков и подготовку данных для рендеринга.
Если у вас уже есть проиндексированные items, и вы делаете map по id то перерендериваться все будет только в том случае если изменился список ID при чем не важно используете вы одни коннект или 1000 разных.

const Item = props => (
  <li>{props.data.title}</li>
)

const List = props => (
  <ul>
     {props.items.map(id => {
            const item = props.indexedItems[id];
            return <item data={item} />;
     })</ul>
)

const ConnectedList = connect(
  state => ({ 
        items: state.someItems.ids,
        indexedItems: state.someIndexedItems 
    })
)(List)

В таком случае овержеда не будет так же как и в примере с несколькими коннектами.