Возможно поможет топик:
sphinxsearch.com/forum/view.html?id=12957
Если коротко, то возможна потеря соединения пока Sphinx производит манипуляции с индексом.
Предлагаемые в топике решения:
1. открывать соединения со Sphinx по необходимости, брать свое и закрывать его.
2. проверять время коннекта, если оно старше 5 секунд, например, то закрывать-открывать его заново.
