Итак, я наконец поборол этот случай. gaelpa, был прав, ~/master был зашифрован. Но т.к. я этого не делал самостоятельно, то и не подозревал об этом. Нашел я это заметив папку .ecryptfs в /home.
Еще одну проблему, которую я решил в довесок: в моем конфиге AuthorizedKeysFile ~/.ssh/authorized_keys, что в определенный момент перестало работать, т.к. этот файл стал искаться в /home/root независимо от пользователя. Чтобы всё работало, нужно оставить так, как было по умолчанию, т.е.: %h/.ssh/authorized_keys
Спасибо всем кто помогал!
