ivnik

Второй запрос работает быстро т.к. ограничение целостности UNIQUE по полю event_timestamp создало индекс. А оптимизатор похоже догадался что LIMIT+ORDER_BY не требует сортировки.
В таком случае самое простое, что можно сделать, это хранить в таблице experiment ссылку на предыдущий эксперимент (в виде id или сразу в виде timestamp), и вытаскивать эту запись одним более быстрым запросом.

1. По поводу deprecated:

@deprecated All functionality has been moved to {link Configuration}

т.е. просто поменяйте AnnotationConfiguration на Configuration (Configuration лежит в том же пакете).

2. По поводу второго примера, там используется jpa в котором есть некоторые отличия от работы с hibernate напрямую. А также там настройка spring контекста осуществляется через «java config», или с этим вопросов нет?

Если нужен рабочий пример, то я могу его привести, но у меня используется a) TestNG b) JPA+hibernate и spring-managed транзакции. Не запутает ли это ещё больше?