ivlis

Я делаю так:

ESCDIR=$(echo "$DIR" |sed -e "s,\([]\(\).^\*\$\/&[]\),\\\\\1,g")

scp -p $DIR/.lastsync $HOST:$DIR

ssh $HOST find  $DIR/$SUBDIR  -newer $DIR/.lastsync | sed -e "s/$ESCDIR\///" | \
rsync  --exclude-from=- --delete -av $DIR/$SUBDIR $HOST:$DIR

rsync  --delete -av $HOST:$DIR/$SUBDIR $DIR 
rsync  --delete -av  $DIR/$SUBDIR $HOST:$DIR

DATE=`date`
echo "$DATE Syncing finished"
echo "====================================================="
echo "  "

touch $DIR/.lastsync

Предполагает, что во во время синка файлы не изменяются и синк не прервётся. Последнее легко исправить, а вот первое без локальной db сделать невозможно.