Поскольку файлы создаются в том порядке, в каком строки хранятся в вашем исходном Excel-файле, вы можете написать batch-файл, который в цикле будет обходить pdf-файлы по порядковым номерам и переименовывать их на основе того, какое имя хранится в соответствующей строке. Вам только придется добавить в Excel колонку с номерами по порядку.
Синтаксис и примеры:
https://ss64.com/nt/for_f.html 