Как правильно объявить переменную и считать внутри функции?

Артём Жулёв, перенесите скрипт из head перед закрывающим тегом body

Как правильно объявить переменную и считать внутри функции?

Артём Жулёв, Возможно нужно объявить переменную после готовности DOM

Почему не работает плавный скролл в меню на jQuery и как скрыть меню после клика?

Решение в лоб https://codepen.io/anon/pen/yGwZYz?editors=0110
Но вам необходимо прокачать скил побольше, разметку с версткой можно сильно улучшить, так же касаемо 3 пункта, не забывайте что у списков есть дефолтные marginы и padding слева.