Выполнить из CMD.EXE (или командного файла): findstr.exe /v /b /e /g:2.txt 1.txt>3.txt
Использованные ключи утилиты findstr:
/B Искать образец только в началах строк.
/E Искать образец только в конце строк.
/V Печатает строки, не содержащие совпадений с искомыми.
/G:файл Получение строк из заданного файла