Как сделать, чтобы при скролле шапки класс добавлялся к нескольким элементам сразу?

Если хочешь добавить класс active ко всем ссылкам в меню, то поменяй:
const menu = document.querySelector('.menu-block__link');

На:
const menu = document.querySelectorAll('.menu-block__link');

И:
menu.classList.add(activeClass);

На:
for(let i = 0; i < menu.length; i++ ){
menu[i].classList.add(activeClass);
}