Я не видел jira, но интересно:
1) не ужели там нет сортировки по дате «обновление», те что сверху те последний раз обновлялись
2) папки? Мне всегда казалось, что у подобных задач должен быть какой то статус, говорящий о том, что они не в работе, опять же в том же redmine, можно связывать задачи, так что «дата начала» одной задачи ставиться после завершения другой, думаю и в jira должно быть что то подобное.
