Я решил данную проблему с помощью плагина WooCommerce Advanced Bulk Edit единственный момент пришлось скачать пиратку так как он платный (благо нашел сразу без проблем), а так очень удобно можно все менять массово если разобраться. Была проблема, что товары были сброшены в одну категорию и надо было разные товары по разным категориям разнести, а из текущей соответственно убрать их. В плагине подгрузил товары по нужной категории, важно поставить галочку в опции Bulk editing mode тогда можно выбрать галочками нужные товары потом ткнуть в один из них, поменять категорию (и снять галку с текущей), сохранить изменения и вуаля все отмеченые товары будут в нужной категории. Заметил один косяк в плагине, операция не сработает если категории имею одинаковое название учитывайте это. У меня еще было что окна плагина схлапывались и их уносило в право от экрана, помогло растягивание их туда сюда. Надеюсь помог.