обычное копирование файлов, проверка прав на запись, 1 строка в реестре
Самый простой вариант вовсе обойтись логон-скриптами, без каких-либо инсталляторов. Но будет мало контроля и вам трудно будет с уверенностью сказать что где поставилось. Ну или раз уж на то пошло можно использовать какой-нибудь простейший инно и вызывать с опциями тихой установки.
Ну а если есть возможность поставить
SCCM то все еще проще, msi он сам умеет разворачивать по тихому, а для других типов инсталлеров можно указать строку запуска. Если ваше ПО зависит еще от каких-то redistributable пакетов вроде С++ рантайма от MS, то эти зависимости можно тоже указать и они будут установлены на машинах где их еще нет. Сам запуск можете делать от имени администратора, в этом случае проверками на запись можно пренебречь. Ну и конечно получите красивый отчет где что поставилось, где упало и какие ошибки выдало.