Все спасибо за помощь. Разобрался…
Надо было в SSLCertificateFile указать файл, в котором только сертификат сервера, который мне выдал RapidSSL. А в SSLCACertificateFile — RapidSSLCABundle.crt, который скачивал с сайта RapidSSL (в этом файле сертификаты рапида и геотраста).
У меня же были в SSLCertificateFile указаны все сертификаты (их я слил в один файл) в порядке — мой, рапид, геотраст. А в SSLCACertificateFile стандартный /etc/pki/tls/certs/ca-bundle.crt (в нем нет рапида).
