Решается через .htaccess
Пример.
RewriteCond %{THE_REQUEST} ^[A-Z]{3,9}\ /index\.php\ HTTP/
RewriteRule ^index\.php$ www.site.ru [R=301,L]
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^site\.ru
RewriteRule ^(.*)$ www.site.ru/$1 [R=permanent,L]