inscamp

Не слушайте тех, кто говорит про настройку браузера. Если такая проблема достает вас во время разработки - она же проявится и у посетителей при первом же обновлении сайта.

Наиболее перспективным подходом у управлению кешированием ресурсов является добавление номера версии в URL. В качестве номера версии можно взять хеш-сумму от файла или дату его последней модификации. После того, как вы добавити номера версий во все URL - можно настраивать неограниченное кеширование ресурсов заголовками сервера и радовать посетителей быстрой загрузкой.

Ну а если нет желания настраивать версии - то просто запретите серверу отдавать заголовок Expires. Грузиться будет медленнее - зато никаких больше "почистите кеш браузера, чтобы увидеть изменения на сайте".

Слишком агрессивный кэш.
На сервере отключите его совсем, в браузере сделайте так,как в первом комментарии.

Если работаете в Хроме (или Опере, или в Яндексе) - откройте девтулс -> настройки:


И просто держите девтулс открытым пока работаете.

var ind = false;
var cycle

item.onclick = function(){
    if (!ind) {
        cycle = setInterval(changeBG, 100);
        ind = true;
    } else {
        clearInterval(cycle);
        ind = false;
    }
};

а можно обойтись и без второй переменной
т.к. setInterval возвращает Id таймера, можно его и проверять и потом соотв. сбрасывать

var timer

item.onclick = function(){
    if (!timer) {
        timer = setInterval(changeBG, 100);
    } else {
        timer = clearInterval(timer);
    }
};

jsbin.com

У вас неправильный доступ к элементам массива. Вместо statusMatrix[i, j]должно быть statusMatrix[i][j]

Причём эта ошибка у вас везде в коде=)

Вы можете поискать готовые решения или напишите сами.
Вот я писал для каких-то вопросов, будет что-то непонятно — пишите
codepen.io/iiil/pen/lLuys
codepen.io/iiil/pen/Lczgi

piwik.org ?

нагуглил :-)