Вообщем, если кому-то интересно, решил я свою проблему синхронного чтения из командой строки модулем readline-sync
var readlineSync = require('readline-sync');
// Wait for user's response.
var userName = readlineSync.question('May I have your name? ');
Прочел про него еще до создания вопроса, но вчера почему-то пакет отдавал 404ую. Сегодня инсталлит без проблем.