В таких случаях обычно есть 2 варианта (само собой, вы люди опытные, живете на десятке серверов, у вас нет проблем с мастером БД, нет statefull фронтов и так далее).
1) делаем такое обновление (промежуточное), которое умеет работать с обеими схемами базы.
2) разворачиваем второй mysql(например), пишем прослойку, которая в realtime перегоняет данные из старой базы в новую. После обновления всех компонентов - вырубаем старую базу. Как вариант - научить старый проект писать в новую базу.