1. Кукисы пересылаются вместе с каждым запросом через заголовок Cookie. При изменении их на клиенте до ближайшего запроса ничего не будет.
2. Или в зашифрованной куке, или в файле на сервере, или в базе данных, или где еще. Если не первый вариант, то используется кука с id сессии.
3. Когда как, см. п. 2
$(window).on('scroll.toElement', function (e) {
var s_top = $("body").scrollTop();
var el = $("#popular").offset().top;
if(s_top > el){
console.log('123');
$(window).off('scroll.toElement');
}
});