index0h

Вам магический геттер не нужен, о слова "совсем". Под приватные свойства сделайте геттеры, это вам здорово облегчит жизнь. Да и костыли с док блоками городить не придется.
Рекомендую почитать про SOLID, ваш Base - это божественный объект.
Так же очень настоятельно рекомендую почитать про PSR-4, сейчас никто не пишет свои автолодеры.

На счет dock block property, он объявляется:

/**
 * @property TYPE_HERE VAR_NAME_HERE [DESCRIPTION]
 */

П.С. Код не мой, переписать не хочется, так как есть много проектов на этом движке.

Если есть возможность выбросить этот движок - делайте поскорее, иначе технический долг будет только возрастать, а код очень скоро станет не саппортабельным

1. Рекомендую делать мапинг методов в момент init(), а результат - кэшировать.
2. Лучше вынесите методы из call, читать его сложновастенько.
3. У вас нету проверок входных параметров. ->idIn(new stdClass,'b'), Спокойно пройдет до andWhere, что не есть хорошо.