Надо делать резервные копии.
Способа откатить не существует (в общем случае, скорее всего и в вашем тоже).
Я не знаю, держит ли nginx открытым файл конфига после запуска (маловероятно). Можно при помощи
lsof посмотреть, держит ли он файл открытым, и, если это так, и если перезаписывание произошло путем замены файла, попробовать достать старый файл по номеру inode или через
/proc (как именно навскидку не скажу, но это возможно). Впрочем, это маловероятно.
Второй вариант:
https://serverfault.com/questions/173999/dump-a-li...
Можно попытаться сдампить память и надеяться, что где-то остались ошметки файла. Правда маловероятно, что они остались в памяти nginx, возможно надо дампить всю память сервера, но и то, мне кажется, маловероятно, что удастся найти.
Но попробовать стоит.