Я бы в первую очередь попробовал проверить именно маршрут. У меня в похожей ситуации задержка на одном сервере была заметно выше, хотя настройки клиента и DNS практически не отличались.
Для сравнения можно временно прогнать подключение через разные сервисы и посмотреть, меняется ли ситуация. Например, я бы проверил AdGuard VPN, hidemy name VPN и ZoogVPN(
https://sites.google.com/view/vpnn3/topvpn3) - у них можно выбрать разные серверы и сравнить задержку.
Если через одно из подключений таймауты пропадают, а без него снова появляются, скорее всего, дело не в Telegram API-клиенте, а в конкретном маршруте до серверов Telegram.
Из трёх я бы просто последовательно протестировал ближайшие локации и сравнил `ping`, время ответа запросов и стабильность соединения. Это быстрее, чем сразу менять настройки клиента или переписывать код.