Проблема в том, что обработчик .click() срабатывает до перехода по onclick, поэтому сначала добавляется .product-variant-blocker, а затем браузер уходит на новую страницу.
Если нужно полностью отключить этот прелоадер, достаточно убрать или закомментировать этот JS:
$(document).ready(function() {
$('.id-variant').click(function() {
$('body').prepend('');
});
});
То есть оставить только твой HTML:
<?php echo $selection['name']; ?>
И CSS .product-variant-blocker тоже можно удалить.
Если же прелоадер нужен в других местах сайта, но именно для .id-variant его нужно отключить, тогда лучше убрать обработчик только для этого элемента:
$(document).ready(function() {
$('.id-variant').off('click');
});
Но если этот обработчик подключается именно показанным кодом, правильнее всего просто удалить весь блок $('.id-variant').click(...).
Если цель - оставить прелоадер, но чтобы он не мешал переходу по onclick, это тоже можно исправить.