$books = R::findCollection('books', 'WHERE subject=2 AND class IN (7-9) ORDER BY authors DESC');
Это если класс задается одним числом, а не строкой "7-9".
А если это все-таки строка, то просто надо добавить кавычки.
$books = R::findCollection('books', 'WHERE subject=2 AND class="7-9" ORDER BY authors DESC');