Столкнулся с этой проблемой. Также искал решение, но выяснил сам.
Если подкатегория не отображается, даже при наличии в ней товаров - укажите через массовое редактирование для всех товаров дополнительно родительскую категорию, то бишь помимо категории(которая должна отображаться) еще и главную. Категория появится.
