Гулять по DOМ-элементам и собирать их них данные - запросто. Можно вертеть все элементы страницы и их содержимое как душе угодно, иначе зачем вообще js был бы нужен.
Сохранять в файл - вряд ли, из-за ограничений на отправку запросов по протоколу file://. Как бы то ни было, собранные данные, опять же, можно представить как угодно в формате веб-страницы, которую потом в крайнем случае можно руками сохранить. Если ух очень хочется просто и красиво всё автоматизировать, то логично посмотреть в сторону тех же Groovy, Python и иже с ними.