Если база заполняется пользователем, то кладите в Documents. Будут создаватся автоматические бекапы в iTunes и iCloud, пользователь никогда данные не потеряет.
Если это просто кеш серверных данных для ускорения работ, то в Caches. Бекапы делатся не будут, данные автоматически удалятся, когда на девайсе будет мало свободного места.
Если база — это кеш для использования в оффлайне, создавайте базу в Caches или Documents и установите файл атрибут, как указано вот тут:
adcdownload.apple.com//ios/ios_5.0.1_beta/iclouddonotbackupattribute.pdf
Не будет бекапов, но базу вашу не удалят, даже если память закончится.
