Добрый день. Замена конфигурационных файлов того или иного ПО зависит от работы rpm, а точнее от спецификации rpm написанного разработчиком сборки пакета. Так, если файлы, находящиеся в cpio архиве rpm пакета помечены в спецификации как %config, то при установке выполняется дополнительная проверка на состояние файлов в целевой системе (управляется дополнительной спецификацией noreplace).
Для решения вашей задачи можно пойти двумя направлениями:
1. Создать тестовое окружение для проверки обновлений. Обновлять на тестовом окружении интересующие вас пакеты (из списка) по отдельности, проверяя на каждом шаге внесённые изменения.
2. Подключить src репозитории соответствующие текущим repo на вашей системе. Эти src репозитории содержат src.rpm файлы, при установке которых вы получите дотсуп к файлам спецификаций (spec-файлы) интересующих вас rpm-пакетов. Вы изучите необходимые директивы spec-файла и поймёте какие изменения будут выполняться при установке пакета.
Подробнее о %config директиве:
www-uxsup.csx.cam.ac.uk/~jw35/docs/rpm_config.html
Подробнее о rpm:
https://docs.fedoraproject.org/en-US/Fedora_Draft_... 
