Тоже столкнулся с такой проблемой. Цвета кластера берутся из имен пресетов меток, входящих в кластер. Т.к. я хочу использовать свои цвета, то поступил следующим образом.
Меткам задаю в свойствах нужный мне цвет и выдуманный пресет. Здесь идет поиск по свойству.
var gq = ymaps.geoQuery(placemarks);
gq.search('properties.ts == "inprogress"').setOptions({
iconColor: '#0c99c6',
preset: 'islands#inprogressIcon'
});
gq.search('properties.ts == "closed"').setOptions({
iconColor: '#7eb222',
preset: 'islands#closedIcon'
});
А в файле pie-chart-clusterer.min.js дополняю массив моими новыми "цветами":
...
var e={
blue:"#1E98FF",red:"#ED4543",darkOrange:"#E6761B"
,night:"#0E4779",darkBlue:"#177BC9",pink:"#F371D1",
gray:"#B3B3B3",brown:"#793D0E",darkGreen:"#1BAD03",
violet:"#B51EFF",black:"#595959",yellow:"#FFD21E",
green:"#56DB40",orange:"#FF931E",lightBlue:"#82CDFF",
olive:"#97A100",inprogress:"#0c99c6",closed:"#7eb222"
...
Понятно, решение не универсальное, но рабочее.