Для публикации 1С в IIS используется механизм хендлеров, который отправляет все запросы в нужный хендлер (в данном случае это dll). Хендлер напрямую получает запрос, обрабатывает его и отдаёт ответ. Врезаться в этот механизм очень проблематично (ну в смысле у меня, сколько я не бился, не получилось).
Мой совет использовать apache, он ошибки в 1С (а речь скорее всего про большие запросы, которые в IIS сыпятся) обрабатывает более коректно, правда придётся пожертвовать прозрачной авторизацией.
