Поддомены предпочтительнее, т.к. каждый из них можно добавить в яндекс вебмастер и присвоить нужный регион.
Я бы на вашем месте не парился с проблемами "дублей", т.к. дублями страницы считаются в пределах конкретного домена. Если сделаете поддомены - страницы не будут считаться дублями, просто на них не будет уникального контента, но если вы собираетесь продвигать их в разных регионах, то в этом нет ничего криминального.