idneutrino24

В моем случае (linux centos-7) проблему решило кроме установки pem-сертификата
еще и добавление нового файла /etc/php.d/z_bx_custom.ini со ссылкой на сертификат:
openssl.cafile=/etc/pki/ca-trust/source/anchors/Cert_CA.pem

Далее:
service httpd restart

И curl увидел сертификаты:

protected function RequestToBank($method, $data, $url)
{
$dataEncoded = http_build_query($data);
if(strlen($url) < 1)
return false;

$curl = curl_init();
curl_setopt_array($curl, array(
CURLOPT_URL => $url.$method,
CURLOPT_RETURNTRANSFER => true,
CURLOPT_POST => true,
CURLOPT_POSTFIELDS => $dataEncoded,
CURLOPT_HTTPHEADER => array('CMS: Bitrix'),
CURLOPT_SSLVERSION => 6
));

$response = curl_exec($curl);
curl_close($curl);

return json_decode($response, true);
}