Вы можете использовать Bash скрипт вместо Python и тогда этот Bash скрипт можно скомпилировать с помощью утилиты shc. Она сделает из вашего Bash скрипта бинарный ELF-файл который будет серьезно обфусцирован и будет очень сложен реверс-инжиниринг, если вообще возможен.
