Да ни зачем это не нужно.
У них мануалы написаны потому что круто мы так могем.
Сделайте отдельный контейнер с (nginx, php-fpm, mysql, mongo, redis) и вашим сайтом и отлично. Я вообще вижу смысл разделять только на 3 части на продакшене - хранилище, в котором лежат все ваши базы и которое нужно бэкапить (как раз удобно - контейнером), код, который вы при деплое меняете и маштабируете и балансеры, которые одни у приложения
В базовых контейнерах задача развернуть по быстрому утилиту чтобы посмотреть.
Поверьте, ничего хорошего из этого не выйдет
sudo docker ps | wc -l
92
при 10 сервисах
Объединяйте в контейнер ваше приложение, если вашему веб-приложению требуются для работы несколько баз, с десяток воркеров на бэкэнде, сложный конфиг нгинкса куча кронов и так далее, то вот это все и заверните в один контейнер.
Ну а если у вас простой сайт на стандартном фреймворке и одной базе, то не очень то и нужны вам контейнеры.