В этом букмарклете канвас лежит поверх всех остальных элементов и занимает всю площадь страницы. Когда летит конфета, чтобы определить, какой DOM-элемент под ней находится, можно воспользоваться методом document.elementFromPoint(x, y) (https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Web/API/document.elementFromPoint?redirectlocale=en-US&redirectslug=DOM%2Fdocument.elementFromPoint). А дальше уже разбить его с каким-нибудь эффектом — дело техники.

Отвечая на вопрос — canvas и остальной DOM никак не пересекаются — canvas, просто один из узлов дом-дерева, и изнутри canvas до элементов DOM никак не достучаться, но иногда это можно изящно обойти, как, например в этом случае.