iamnothing

из JS с помощью AJAX шлёте массив в виде JSON на сервер, где его ловите и делаете ему json_decode():
$php_array = json_decode($json_array, true);
в результате в $php_array у вас будет нужный вам массив

Если я вас правильно понял:

function arrayToNestedKeys(array $keys, array $insertInto, $value) {
    $tmp = &$insertInto;
    foreach ($keys as $key) {
        if (!isset($tmp[$key]) || !is_array($tmp[$key])) {
            $tmp[$key] = [];
        }
        $tmp[$key] = [];
        $tmp = &$tmp[$key];
    }
    $tmp = $value;

    return $insertInto;
}

// arrayToNestedKeys([78,2,3], [123], 6) выдаст
//   [0 => 123, 78 => [2 => [3 => 6]]]

Upd: Подкорректировал решение - добавил проверку на существование массива во время прокладывания "пути" в массиве. Спасибо @happyproff