$where: 'return this.checked' либо $where: function () {return this.checked}. $where имеет низкую производительность, поэтому рекомендуется к нему прибегать только если по-другому ну совсем никак.Users.remove(checked: true)Если вы прямо так и писали, то это синтаксическая ошибка, должно быть:
Users.remove({checked: true})