1) Однозначно - поддомены, а не подпапки.
2) Каждый поддомен можно сделать как самостоятельный сайт на Joomla ИЛИ как один из вариантов Одного единого сайта с продуманной поддержкой мультисайтовости:
2.1) Каждый поддомен - самостоятельный сайт. Вариант хорош тем, что сайты для регионов полностью автомномные. Плох тем, что каждый город (сайт) надо обслуживать отдельно. Например, если внесёте какое-то усовершенствование сайта - это надо будет делать для всех сайтов городов - столько раз, сколько их есть.
2.2) Единый один сайт, который работает по-разному в зависимости от того, как он был открыт (через какой поддомен). Такие решения есть (не бесплатно, но стоит того). Можно настраивать очень кастомно (вплоть до автовыбора шаблона сайта для поддомена, автоподстановки телефона и других контактов и т.д.). В этом варианте внесение, к примеру, доработки сработает сразу для всех поддоменов.
Возможно, будет интересна и полезна эта статья:
blog.inform-resource.ru
(на данный момент статья ещё не завершена, но уже содержит полезную информацию).
