iROOT

Поздравляю, вы только что познакомились с таким понятием как ссылка.

Канонический пример:

Python 2.7.6 (default, Nov 10 2013, 19:24:18) [MSC v.1500 32 bit (Intel)] on win32
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> a = [10, 15]
>>> b = a
>>> b[0] = 25
>>> b
[25, 15]
>>> a
[25, 15]
>>>

Поэтому, если надо именно скопировать сложный объект, то нужно пользоваться соответствующими свойствами, а не простым присвоением.

Вместо

out_image = bg

Используйте метод copy() у объекта Image

pillow.readthedocs.org/en/latest/reference/Image.h...

docs.python.org/2/library/os.html#os.makedirs

Не?

zlib в Питоне - это байндинги к библиотеке zlib. Можно попробовать обновить библиотеку и пересобрать питон.

zlib это часть самого Python. Надо обновить Python:
www.python.org/download/releases/2.7.6/
www.python.org/download/releases/3.3.3/

По поводу альтернативы:
Смотря какая цель и реализация. Может, gzip подойдёт?

А можно какой нить пример того что нужно. А то как то смутно представляется задача.