Директива Host должна содержать:
Указание на протокол HTTPS, если зеркало доступно только по защищенному каналу (Host: https://myhost.ru).
https://yandex.ru/support/webmaster/controlling-ro...

И оставьте только одно основное зеркало - либо www.site.ru, либо site.ru, с другого настройте 301-редирект.