Результат исследований показал, что помочь в такой ситуации может обращение в сапорт монго (
https://jira.mongodb.org ). Создать тикет и описать свою ситуацию. С большой долей вероятности ребята пофиксят фалы WiredTiger.wt и WiredTiger.turtle, что может помочь.
В моем конкретном случае, по мимо этих файлов еще оказались повреждены файлы с коллекциями, что означает, что база воскрешению не подлежит.
Делайте бэкапы господа.