Править конфиги напрямую смысла нет - после рестарта FreePBX у вас все пропадет т.к. конфиги генерятся на основании данных из MySQL. Правильный путь - через api, не очень правильный (но вполне рабочий) - через добавление записей напрямую в mysql, там особо ничего сложного нет, за пару часов можно разобраться.