echo "node_modules/" >> .gitignore
Добавить директорию в список игнорируемых git.
А вообще для js разработки есть готовые gitignore файлы что бы не тащить в репозиторий всякий мусор.
https://github.com/github/gitignore/blob/master/No...
curl https://raw.githubusercontent.com/github/gitignore/master/Node.gitignore > .gitignore
Создаст стандартный gitignore для проектов на node
