если для веб/разработки, то все таки линукс на основной машине, там все нативно будет как собственно и потом в продакшне 1:1, а виндовс для пары незаменимых программ на виртуальную машину поставить и как тут уже советовали по рдп на нее заходить. Кроме того, общих папок виртуалки с хостом никто не отменял, с обменом файлами проблем не будет :)