Автопрефиксер (во всяком случае тот, что плагин для галпа) работает исходя из данных caniuse. Возможно там уже считают, что добавлять префиксы не стоит для flex?
Судя по таблице (
https://caniuse.com/#search=flex) – да, префиксы не нужны. Проверьте на чем-то более новом, что гарантировано поддерживается с префиксами
