hrenly

Делаете одно повторение волны (растровым изображением) ставите на background, указываете background-repeat: repeat-x, затем развлекаетесь с разными пропорциями background-size. А конкретно ставите желаемую высоту в пикселях, а ширину в процентах можно.

Автопрефиксер (во всяком случае тот, что плагин для галпа) работает исходя из данных caniuse. Возможно там уже считают, что добавлять префиксы не стоит для flex?
Судя по таблице (https://caniuse.com/#search=flex) – да, префиксы не нужны. Проверьте на чем-то более новом, что гарантировано поддерживается с префиксами