Правильно писать так, как в примере от Laravel (файл Example.vue).
Хотя, можно обойтись и без Example.vue, а писать бизнес логику в app.js.
Например, вот этот товарищ так и делает:
https://www.youtube.com/watch?v=ZEF3TAAzfVM
Но, первый вариант, более правильный.
Когда начнешь так писать, возникнет необходимость в обмене данными между разными vues.
Для этого используй Vuex.
Можешь посмотреть о нем вот здесь:
https://www.youtube.com/playlist?list=PL55RiY5tL51...
А в остальном, в правильном направлении движешься.
Приложения с использованием связки Laravel+Vue.js получаются реально классными.
Желаю удачи!