homm

Проверьте, что написано в файле .gitignore в корне репозитория.

Вообще ошибка «git fatal: This operation must be run in a work tree» означает, что вы пытаетесь запустить команды git не из рабочей папки репозитория. Рабочая папка — это та папка, в которой находится папка .git (точка git) непосредственно с репозиторием.

Самое правильно было бы сделать форк существующего проекта Коханы и внести изменения уже в него. Дальше в зависимости от того, захотят ли авторы Кохаы принять ваш код, а вы, соответственно, отдать его, либо сделать Pull request, либо поддерживать свою ветку, принимая изменения из Коханы с выходом каждой новой версии.