Иван Киселев

Вам достаточно делегировать на себя домен второго уровня, обычно в DNS-серверах выставлена директива:
*.domain.ru IN A 1.1.1.1

Таким образом, dns-сервер все запросы к доменам третьего уровня, которые являются поддоменом к вашему отправит на один и тот же сервер, дальше же все зависит от настроек Apache.

Иными словами, владея доменом второго уровня вы уже сами можете делегировать кому угодно домены третьего уровня.

Если DNS-записи достаточно статичны, то большой проблемы не будет: В отсутствии связи между собой - DNS-сервера будут отдавать все то же и все так же.
Если же DNS-записи меняются часто и обильно, то слейв, на который должны происходить трансферы - просто не будет получать обновления зон, что, конечно же, критично.

Обычно настроено так.