Если сканер по компорту подключается, то написать сервис на сях и повесить на какой-нибудь порт. Соответственно, из пхп общаться со сканером через этот сервис.
алгоритм такой:
1) открывается страница — посылаем команду на включение сканера
2) аяксом обращаемся за последним считанным штрихкодом и выводим его.
3) по завершению — выключаем сканер.