"Проблема в том, что на тестовом сервере версия docker-compose выше, чем на проде, и в этой версии есть --env-file флаг для указания файла "
А зачем вы используете разные по версиям ПО среды для тестирования/разработки и в проде? Такого быть не должно, если вы конечно не планируете апгрейд прода и обкатываете новую среду, но это уже не проблемы джуна.